La classe des samouraïs est apparue au milieu du X° siècle à l'est du Japon, alors que les grands clans guerriers étaient en formation. Au début, il ne s'agissait que de gardes de la cour nommés saburai (dérivé du verbe saburu, se tenir à côté).
C'est au XII° siècle qu'ils parviennent à s'imposer grâce aux TAIRA et aux MINAMOTO. A partir de cette époque, le pouvoir fut divisé en deux. D'un côté, l'empereur et sa cour, et de l'autre le gouvernement militaire ou bakufu, dont le chef est le shôgun. Ce titre, abrégé de seii-tai-shôgun, "gouvernement militaire contre les barbares", était donné par l'empereur aux grands chefs combatants les Ezo dans le nord et les autres rebelles. A l'époque dite Kamakura, il était donné au plus puissant des chefs militaires (daimyô). Il s'agissait de MINAMOTO no Yooritomo en 1185/1192, qui installa son bakufu dans la ville de Kamakura (50km au sud de Tôkyô). Celle-ci fut ainsi la capitale du Japon jusqu'en 1333.
Les shôgun étaient des dictateurs militaires qui gouvernaient à la place de l'empereur qui n'avait plus qu'un statut spirituel. Ils dirigeaient en s'appuyant sur le Mandokoro (bureau administratif des grands nobles). le Manchûjo (haute cour de justice) et le Samuraidokoro (ministère des affaires militaires). L'autorité du Shôgun s'appliquait directement sur les jitô, les intendants des grands domaines exemptés d'impots (shôen), et sur les shugo, les gouverneurs militaires d'une province ou d'un shônen. Il était assisté de "régents", les shikken. Pendant l'époque Kamakura, les shugo étaient chargés de recruter les soldats et de maintenir l'ordre public.
Ce systeme perdura pendant la période suivante, Muromachi (1333 à 1573), qui était dirigée par les shôgun du clan ASHIKAGA depuis Kyôto. Le nom Muromachi vient du site où la famille installa son bakufu, dans le Hana no gosho du quartier Muromachi de la ville. Cette période fut très troublée et secouée par de nombreuses guerres intestines, les paysans faméliques se révoltant aux cotés de leurs seigneurs : Guerre de l'ère Ônin (1467 - 1477). La pays était plongé dans la guerre civile à tel point que la période s'étendant de 1467 à 1568 fut nommée Sengoku ("Pays en guerre")! De nombreuses provinces ont fait sécession et refusaient de payer l'impot shogunal, ce qui ruina la cour impériale et le bakufu des ASHIKAGA. Ils furent obligés de s'unir et une guerre déchira les differents seigneurs alors que les shôgun na parvenaient pas à se maintenir au pouvoir. Pendant ce chaos, les shugo même réussi a prendre le pouvoir (ère de Gekokujô, "ceux du bas dépassant ceux du haut").
Les troubles prirent fin lorsqu'Oda Nobunaga pris Kyoto en 1568 et incarcéra le dernier shôgun ASHIKAGA en 1573, et que TOKUGAWA Ieyasu devint shôgun après avoir remporté, en 1600, la victoire à la bataille de Sekigahara qui divisait le Japon en deux camps. Il établit son bakufu à Edo (ancien nom de Tôkyô signifiant "porte de la baie"), et les TOKUGAWA régnèrent jusqu'en 1868 après avoir unifié le pays et créé un gouvernement stable et en paix pendant plus de deux siècles.
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